是的，小程序每年都需要支付一定的費用。具體來說，小程序認證需要支付300元的費用，每年都需要重新認證。此外，小程序的使用費用、服務器費用、域名費用等也需要每年支付。因此，小程序的開發公司和用戶需要協商好每年的費用標準和支付方式，以確保小程序的正常運營和使用。