微信小商店和小程序商城都是基于微信生態的電商平臺，但是它們之間存在一些差異，主要表現在以下幾個方面：

1、開通方式：小商店是由微信提供的一種電商服務，可以直接在微信公眾平臺上開通，而小程序商城則需要通過第三方小程序開發工具開發。

2、功能和限制：小商店提供了基本的商品發布、訂單管理、客服等功能，但是受到微信平臺的限制，無法使用自定義功能和插件。小程序商城則可以使用更多的自定義功能和插件，但是需要具備一定的技術能力和經驗。

3、用戶群體：小商店主要面向個人和小微企業，提供簡單易用的電商服務。小程序商城則可以面向各種規模的企業和商家，提供更加靈活和強大的電商解決方案。

4、發展空間：小商店受到微信平臺的限制，發展空間相對較小。小程序商城則可以通過自主開發和優化，獲得更大的發展空間。

綜上所述，小商店和小程序商城各有優劣，建議您根據實際需求和預算選擇合適的開發方式。如果您需要更加靈活和強大的電商解決方案，可以考慮使用小程序商城