如果提供的資質文件主體與小程序注冊主體不一致，可能會導致審核不通過。因為微信小程序審核時需要確保小程序的實際運營者與注冊主體是一致的，這樣才能確保小程序的真實性和合法性。

如果提供的資質文件主體與小程序注冊主體不一致，審核人員可能會認為存在冒用或掛靠行為，從而拒絕通過審核。因此，建議小程序的注冊主體和運營者保持一致，以確保順利通過審核。

如果確實存在不一致的情況，可以考慮重新注冊小程序，并確保注冊主體和運營者一致。或者與第三方機構聯系，尋求解決方案。