外賣小程序對接第三方配送的收費方式有以下幾種：

1、按訂單數收取。這種方式簡單易懂，商家可以通過訂單量的調整實現節省成本的目的。但這種方式無法衡量商家對服務質量、配送時間等可能產生的影響。

2、按配送距離收取。這種方式避免了由訂單數量導致的成本過高的風險，同時也增加了配送方的服務質量和信譽度。但商家也需要根據配送范圍來調整菜單，費用等方面的改變。

3、按銷售額收取。這種方式很符合實際財務運營的核心思想。但商家也需要提供額外的推廣和客戶維護服務。

不同的外賣小程序對接第三方配送的收費方式略有不同，具體以各平臺公布信息為準。